คณะรัฐมนตรีได้มีมติที่ สร.0201/ว78 ลงวันที่ 19 สิงหาคม 2519 เรื่อง การแต่งตั้งผู้ตรวจสอบภายในส่วนราชการ โดยกำหนดให้ส่วนราชการจัดตั้งหน่วยตรวจสอบภายในขึ้น ในปี พ.ศ.2519 มอบหมายให้สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนเป็นผู้พิจารณากำหนดตำแหน่งและให้กระทรวงการคลัง รับผิดชอบในการฝึกอบรม   มหาวิทยาลัยศิลปากร  จึงได้ดำเนินการเพื่อให้สอดคล้องกับมติคณะรัฐมนตรี ดังกล่าวโดยเริ่มแรกได้แต่งตั้งข้าราชการ ฝ่ายคลัง กองกลาง ให้ทำหน้าที่เป็นเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน ต่อมาในปีงบประมาณ พ.ศ. 2527 ได้มีการบรรจุข้าราชการในตำแหน่งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน โดยเริ่มแรกมีเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายในประจำที่มหาวิทยาลัยศิลปากร วังท่าพระ 1 คน และพระราชวังสนามจันทร์ 1 คน  ต่อมาในปีงบประมาณ พ.ศ. 2532   มหาวิทยาลัยศิลปากร ได้มีการปรับโครงสร้างงานตรวจสอบภายในใหม่ โดยรวมอัตราไว้ที่  สำนักงานอธิการบดี  มหาวิทยาลัยศิลปากร วังท่าพระ แต่ให้มีเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายในปฏิบัติงานประจำสถานที่ละ 1 คน โดยแต่งตั้งเจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายในขึ้น  1  คน เพื่อควบคุมดูแล  ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยศิลปากร  ที่ 1110/2532    ลงวันที่   20  ธันวาคม   2532   ต่อมาได้มีการแต่งตั้งหัวหน้างานตรวจสอบภายใน  ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยศิลปากรที่820/2536   ลงวันที่  6  กันยายน  2536  และตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2547 ได้ย้ายบุคลากรมาอยู่รวมกันที่ชั้น 7  สำนักงานอธิการบดี  ตลิ่งชัน   คณะกรรมการพัฒนาโครงสร้างและสายการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ ได้มีการทบทวนบทบาทและภารกิจของหน่วยงานภาครัฐตามข้อเสนอแนะของกระทรวงการคลัง  ซึ่งนำไปสู่การปรับปรุงโครงสร้างในรูปแบบใหม่ของทุกส่วนงานราชการ (ตามมติคณะรัฐมนตรี  เมื่อวันที่ 16  กันยายน  2546 ) และที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยศิลปากร  ครั้งที่ 5/2550  เมื่อวันที่  12  กันยายน  2550  มีมติให้ปรับปรุงโครงสร้างงานตรวจสอบภายใน เป็น สำนักงานตรวจสอบภายใน  ซึ่งเป็นหน่วยงานในกำกับเทียบเท่ากอง  ตั้งแต่วันที่  1  ตุลาคม  2550    โดยมีการปรับโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการสำนักงานตรวจสอบภายในใหม่   โดยแบ่งเป็น งานตรวจสอบที่  1    งานตรวจสอบที่ 2  งานวิชาการและวางแผน  และงานบริหารและธุรการ  ซึ่งทั้ง 4 งานนั้นจะมีผู้อำนวยการสำนักงานตรวจสอบภายใน เป็นผู้บริหารสูงสุดของหน่วยงานตามประกาศมหาวิทยาลัยเรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานของมหาวิทยาลัยศิลปากร (ฉบับที่5)พ.ศ. 2561 ลงวันที่ 21 ธันวาคม 2561 ให้แบ่งหน่วยงานภายในของสำนักงานอธิการบดี  โดยสำนักงานตรวจสอบภายในเป็นหน่วยงานภายในระดับกองที่มีภาระหน้าที่เฉพาะหรือตามยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัย    แบ่งหน่วยงานย่อยเป็น 2 งาน ได้แก่ งานตรวจสอบ และงานบริหารกลยุทธ์ตรวจสอบ

• มุ่งหวังให้เกิดธรรมาภิบาล(Governance) ขึ้นในมหาวิทยาลัย สนับสนุนให้เกิดสามัญสำนึกในภาระหน้าที่ (Accountability) และความรับผิดชอบในหน้าที่ ที่ได้รับมอบหมาย (Responsibility) ด้วยสมรรถนะในวิชาชีพ (Competency) ที่สอดคล้องกับกระบวนการปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัย โดยนำหลักการวิชาชีพตรวจสอบภายในสากล (The International Internal Audit , The Institute of Internal Auditors , IIA) มาเป็นแนวปฏิบัติ
• เป็นศูนย์กลางข้อมูลได้จากการตรวจสอบด้านการเงิน (Financial Audit) การบริหาร (Management Audit) ผลสำเร็จการบริหาร (Performance Audit) ระบบสารสนเทศทางการบัญชีและการเงิน (Information System Audit) การบังคับใช้กฎหมาย ข้อบังคับ ระเบียบ ประกาศ แนวปฏิบัติ ระบบการควบคุมความคิดเห็นภายใน มาตรฐานวิชาชีพ (Compliance Audit) สามารถให้คำปรึกษาแลกเปลี่ยนความคิดเห็นเพื่อสร้างกระบวนทัศน์ (Paradigm) และเป็นแหล่งบ่มเพาะ (Incubator) องค์ความรู้ด้านการตรวจสอบ
• ให้ความเชื่อมั่นในรายงานการเงินของมหาวิทยาลัย ส่งเสริมให้เกิดประสิทธิภาพและประสิทธิผลในการปฏิบัติงาน (Efficiency and Effectiveness of Performance) ให้สัญญาณเตือนภัยล่วงหน้า (Warning Signals) ในกิจกรรมที่ไม่ได้ปฏิบัติตามกฏหมาย ข้อบังคับ ระเบียบ ประกาศ แนวปฏิบัติ ระบบการควบคุมภายใน มาตรฐานวิชาชีพ ทีมีความเสี่ยงอันอาจทำให้เกิดความเสียหายและการทุจริตในมหาวิทยาลัย