สำนักงานตรวจสอบภายในมหาวิทยาลัยศิลปากร เป็นส่วนงานสนับสนุนการบริหารมหาวิทยาลัยโดยมีข้อบังคับมหาวิทยาลัยศิลปากรว่าด้วยการตรวจสอบภายในของมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2561 และกฎบัตรการตรวจสอบภายในว่าด้วยวัตถุประสงค์ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของสำนักงานตรวจสอบภายใน เพื่อให้เกิดความอิสระในการปฏิบัติหน้าที่ ผู้อำนวยการสำนักงานตรวจสอบภายในเป็นผู้บริหารสูงสุดภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการตรวจสอบและสภามหาวิทยาลัย และการบริหารงานบุคคลของผู้ปฏิบัติงานในสำนักงานตรวจสอบภายใน ให้เป็นไปตามข้อบังคับของมหาวิทยาลัยศิลปากรว่าด้วยการบริหารงานบุคคลลูกจ้างมหาวิทยาลัย